Ну что ж, продолжаем отделять мух от котлет !  
 В своем предыдущем  посте, не зная всех подробностей этого дела, я  на эмоциях высказал свою точку зрения, т.к  сам сталкиваюсь с реалиями взаимодействия с властью..  

 Ответ ТС сподвиг меня ознакомиться с материалами этого дела более подробно. 
Моя оценка  будет независимой, и выражает чисто мое видение проблемы. Я не юрист с профессиональным образованием, но волей судеб прошедший  все стадии судебных разбирательств, которым не видно ни конца, ни края…, 

  перелопативший кучку юридической литературы и вынуждено ставший «юристом-любителем».  

 Все мои суждения основаны на материалах дела выложенных в открытых источниках.
Не вдаваясь в тонкие юридические кружева дела, я считаю в том, что вы потеряли здание, а вы его точно потеряли – виноваты только вы сами! И как это не звучит для вас не лицеприятно, но как говорили древние римляне «Dura lex sed lex». Закон формально не нарушен. И ваши слова:   
Мир6942 писал(а):...Однако все последующие судебные инстанции, будучи коррумпированными и вероятней всего получившие вознаграждение, выносят незаконные решения,.... 
мягко говоря  произнесены в запале проигрыша дела, т.к ещё ни один проигравший в суде за всю историю юриспруденции не согласился с решением суда не в свою пользу. Уж поверьте мне, в вашем случае говорить о какой-то коррумпированности судов  можно, ну максимум, в пределах городского суда  и уж точно не в высших судебных инстанциях. А как раз именно первые инстанции встали на вашу сторону !
Что ?  какая то шарашка в лице «Салаватводоканала» может как то повлиять на те же апелляционные, окружные Суды и уж тем более на Высший АС ? Не смешите людей! Слишком разные весовые категории и цена вопроса…. 
Ваша главная ошибка состояла в том, что вы довели дело до суда ! Ведь цена вопроса была 1.5 млн. рублей долга перед ОАО «Сода» и на кону стояло здание площадью более 1700 кв.м ! Я конечно не знаю как был оформлен сам займ под покупку этого здания. Было ли оно с обременением, под залогом.., но если этого ничего не было и у вас была читая «зеленка»,  -  что вам мешало вывести актив из под судебных разбирательств ? Для этого у вас было 2 пути: 
1.Отдать сам долг и закрыть тему, ну да – денег не было, студентов не было.., ну и что ??? а перспектива потерять здание стоимостью явно не эти 1.5 «лимона» ???  В конце концов, могли бы взять кредит в банке под  залог здания, вложится в нормальный ремонт, а  потом его  или продать или сдавать в аренду, если уж образовательный бизнес загнулся… 
2.Даже после вступления в законную силу решения арбитражного суда о взыскании с вас суммы займа, и если у вас не было реальных возможностей отдать долг, то у вас было целых 3 месяца(!!!) на вывод актива из под судебного преследования! Да каким угодно способом ! хоть продажу самому себе, как физическому лицу, родственникам и т.п. 
 У меня, кстати, должники так и делали, а потом разъезжая с наглыми мордами  на джипах разводили совместно с приставами руками  -  типа, а взять нечего с фирмы, уставной фонд  которой 10000 рублей… Дело закрывалось  с формулировкой:  «ввиду того, что собственности должника не обнаружено…».. 
 Вот вам и законы !
Не понятна ситуация с якобы покупкой вашего долга «Водоканалом»  у  ОАО «Сода» ? 
Мир6942 писал(а):...Между Институтом и ОАО Сода была достигнута устная договорённость о постепенном возврате долга. Однако, МУП Салаватводоканал став правопреемником ОАО Сода перекупил долг с целью завладения зданием Института по разработанной схеме
скажите  мне - как это «Салаватводоканал» мог стать правопреемником такого предприятия ? Оно вроде как существует до сих пор..
Решение арбитража было в пользу ОАО «Сода» и ни о каком «водоканале» речи не шло! Устные договоренности, если они даже и были на самом деле, -  всего остаются лишь устными  договоренностями. В таких случаях составляются письменные мировые соглашения и графики погашения долга, и предоставляются в суд ! 
 Там ещё в деле много было косяков  с вашей стороны, которых можно было избежать… Вобщем,  отсутствие у вас вменяемых и опытных  юристов повлияло на исход дела. 
   Конечно, сейчас поздно после драки махать кулаками. Высший Арбитражной Суд поставил точку в этом деле, незаконность всех решений вы не доказали – шансов у вас было очень мало ! И ежу понятно, что был сговор и фарс в торгах – втихаря дали «объяву» в какой-то мусорной уфимской газетенке, якобы откликнулись потенциальные покупатели аж 3 штуки! Естественно главный покупатель был «Салаватводоканал»,  а этих двух подставных «претендентов» прицепили чтобы соблюсти внешне условия торгов,  не знаю, кто такой Амиров, но из ООО «Авто(
помойка)мир  явно торчат уши главного «молодогвардейца – едираста» Миши Васильева. 
Но вся беда в том, что такие вот у нас законы –  соблюди чисто  формально  букву закона – и вот вам результат – ты собственник здания площадью 1736 кв.м по цене 2-х квартир !  А уж про эти газетенки в которых дают нужные «объявы» столько понаписано,  вплоть до того доходит, что когда объект лакомый, то  для отсечения конкурентов даже учреждают где-нибудь в  глухом ауле свою газетенку. Эххх. Россия…. Куда ж ты катишься ??? 
 Единственное, что сделал новый собственник  неправильно  - это то, что они явно ещё не имея на руках свидетельства о государственной регистрации  права собственности на это здание, пытались в него проникнуть, и при чем здесь представители Администрации  и судебный пристав ? Что они вообще там делали ? На лицо спор 2-х хозяйствующих субъектов ! И если бывший собственник добровольно  не предоставляет новому собственнику помещение, то только по решению суда и по новому исполнительному производству происходит выселение даже с привлечением органов милиции(полицией – язык  как то не поворачивается их назвать..) 
Они всё равно это сделают, ну может чуть подольше продлится процедура, но правде надо смотреть прямо в глаза – вы проиграли !, и теперь жаловаться, как я советовал в своем посте выше, никуда не имеет смысла,  - пустая трата времен и нервов…., и причем здесь  ЕСПЧ ? у вас даже не примут заявления, т.к они рассматривают нарушения прав человека, а у вас налицо спор 2-х хозяйствующих субъектов.
Ну вот как то так.. Есть у кого то другие мнения ? желательно профессиональных юристов, если таковые здесь имеются, но только не на уровне «все казлы, всех мочить и поднимать на вилы»
Извините, если где то был резок – но факты упрямая вещь,  а истина всегда где-то по середине...